《幻想三國志 2》橫跨的時期將較一代為長，除了發(fā)展全新的故事，前代為大家所熟悉的主要人物也將一一以新面貌登場；另一方面，構(gòu)筑一代種種事件的源由及世界觀，也將在此代完整呈現(xiàn)。除了歷史人物、事件增多、劇情與深度也比一代更豐富，而三國聞名、受到玩家喜歡的軍師猛將，也會在這代充分展現(xiàn)迷人的風(fēng)采。
在結(jié)局方面仍保留了前代「雙主線」與「多結(jié)局」的特色，隨著故事進行，玩家可依喜好做下不同的決定，來決定屬於自己的最終結(jié)局。而與前代相異的地方是，此次影響的條件將不再受限於男女感情的選擇，主角的價值觀與系統(tǒng)的應(yīng)用也都將是影響分歧的主要因素。

上古時期，黃帝蚩尤大戰(zhàn)涿鹿。當(dāng)時，蚩尤得風(fēng)伯雨師、魍魎魑魅、山精鬼怪之助，黃帝則有風(fēng)后力牧、應(yīng)龍女魃、天女之輔。此役風(fēng)云變色、石破天驚。

在忠臣風(fēng)后、力牧、大將應(yīng)龍、與義女女魃的相助下，涿鹿之戰(zhàn)，黃帝終于獲得了最后的勝利。然而，在消滅蚩尤勢力的同時，黃帝也失去了忠臣風(fēng)后與摯愛鳳曦，而大將應(yīng)龍與義女女魃，也因雙雙感染了人間濁氣而從此消失天界...

時光流轉(zhuǎn)，為了一償未了的心愿，黃帝決心投身地界。在轉(zhuǎn)生之前，他來到天界的花園懸圃，為應(yīng)龍與女魃做了一件事。東漢末年，亂象紛起，漢室存亡生死一線。蓮無神樹下，云空和道天兩仙，以漢朝興衰、天道之向為賭注，繼續(xù)兩人未完的棋局。 熒惑守心、天象異變，一個關(guān)于三龍寶器的傳說迅速在朝野傳開：當(dāng)年承天命而來，協(xié)助黃帝打敗蚩尤的神獸應(yīng)龍，戰(zhàn)后因感染邪氣而墮入人間，臨死前其指爪化為青龍劍、眼化為赤龍珠、心則化為歷代傳承的玉龍璽。在此亂世中，傳說只要能擁有其中一樣，便能雄霸一方成為王者，若三者龍氣合一，則天下盡得、心愿盡遂、并可擁有扭轉(zhuǎn)天道之能力。

公元一九六年，西涼召德村。 楚歌與好友韓靖、心儀之人沈嫣，他們?nèi)缤�一般年輕男女，對未來有著美好的憧憬，并一心期待著前往京城發(fā)展、為此亂世盡一份心力。然而，一場意外卻讓他們遭遇了生離死別的命運。 在陌生的長安，楚歌無意中解救了一名身份不凡的少女‧漢朝興平公主，從此卷入了擁漢室之護凰血族、及反漢室自立為王之暗行七眾兩勢力的漩渦中。隨后，青樓名伶海棠、曹操麾下夏侯翎、書生道士杜晏、鬼族之女蜜兒，一一因命運的相連而出現(xiàn)在楚歌的面前