涿鹿之戰(zhàn)，黃帝大勝蚩尤，七大先鋒獸族功不可沒，黃帝遂封七大獸族各持有一塊七曜（日、月、金、木、水、火、土）晶玉，每個晶玉皆蘊含著一種不可思議的力量。這場災(zāi)厄不僅毀了許多無辜人民的家園，也使得五原山石崩塌、漢運火德泄出，少年夏皓因緣際會之下結(jié)識了張角之女張婕，并與太平道教主張角、以星象神算著名的玄機宮宮主—計采遙一同發(fā)現(xiàn)了封印魔界之門的上古機關(guān)“七曜星輪”之封印有松動跡象，如不加以阻止，則猛獸妖怪將四處萌生，神州將陷入浩劫。而唯有找齊七曜晶玉，方能再度啟動封印，恢復(fù)人界秩序。

《幻想三國志3》劇情發(fā)生于公元183年末，《幻想三國志2》劇情之前，是系列作時間軸中最早的一部。時值東漢光和年間，長虹貫穿紫微星的那夜，中土發(fā)生了一場大地震。獸族間本就存在著的沖突，在黃帝歿后越演越烈，終于燃起烽煙；大戰(zhàn)之后，原本就居于弱勢的獸族從此滅亡，而七曜晶玉也因此分散至神州各地。除了置身于事外的金翅族外，僅存的血狐族與赤虎族兩大族，從此過著互相牽制卻也互相覬覦彼此力量的日子。

戰(zhàn)爭系統(tǒng)

在這代里，變化最大的是戰(zhàn)爭系統(tǒng)。游戲的大地圖不再以地區(qū)劃分，而是出現(xiàn)了城市的概念，46座城市之外還有22處關(guān)卡，有水上的，也有陸上的，要想進攻對方的城市，得先進攻城前的關(guān)卡，敵人也會在關(guān)卡設(shè)防，而一旦我方占據(jù)了關(guān)卡，或進或退，都可使己方得利，這個富有特色的設(shè)定一直到9代都在沿用。關(guān)卡的戰(zhàn)斗，游戲采用的是野戰(zhàn)的模式，敵我雙方利用地勢之險出謀劃策，一旦關(guān)卡的敵方被消滅，關(guān)卡即告占領(lǐng)，這樣下一回合進攻方就可為攻城戰(zhàn)作充分準備;當然守方也可放棄野戰(zhàn)，只在城外和對方一決高下，一切全憑玩家個人喜好。攻城戰(zhàn)的場景采用45度設(shè)計，頗具立體感，城外部隊的視線有白天黑夜之分，晚上視線不明，就極易受到偷襲，而且按照設(shè)定，外城破了之后還可以進入里城再打，一場戰(zhàn)爭本月無法結(jié)束，第二個月還可再打，直到城破或己方退兵為止，這些因素，使得戰(zhàn)爭更加緊張激烈了。本作的單挑系統(tǒng)較《三國志2》更為完善，武將可以隨時提出單挑，畫面也更精美，可以看到敵方武將被我方大將斬于馬下的真實場景，而不是像前代那樣只用數(shù)字表示，3代的這種“一騎討”的模式為后面的幾代起到了一個模范的作用。另外，武將均有隱藏屬性的設(shè)定，例如勇猛，冷靜，義理等等，勇猛值高的武將單挑勝率大，這些隱藏屬性成為了《三國志3》高手們研究的話題，彼此間交流對此津津樂道。本作的計謀系統(tǒng)也達到了一個前所未有的高度，武將可以充分利用各類計謀打擊敵軍，比如潛伏、放火等，但是成功率并不高。3代的兵種較之前也有了質(zhì)的變化，可以有步兵、騎兵、弩兵同時作戰(zhàn)。

諜報系統(tǒng)

本作的另一個特色就是復(fù)雜的碟報系統(tǒng)和計謀、外交指令。敵方城池的資料我方是不可見的，因此可以派人去做間諜，但時間較久，有時長達半年，這樣的設(shè)定加大了難度，也使得那些無事可做的將領(lǐng)分派到了差事。謀略方面，游戲提供了多種計謀，比如“二虎競食”、“驅(qū)虎吞狼”等等，使得游戲的樂趣又更上了一層樓。此外，游戲的外交系統(tǒng)繼承了前作“外交使節(jié)”的模型，但可供君主選用的外交策略更多，并且還有軍師從旁協(xié)助。

然而即使是《三國志3》這樣近乎完美的游戲，也存在著一些垢病。比如在挖敵方武將時，只要你的軍師智力為100，對方忠誠不滿100，便總會勸降成功，這樣連關(guān)羽、張飛那樣的鐵桿劉派，哪天說不定也會成為別派。而且挖來的武將還帶著本部人馬一起來投，這樣就形成了一套“挖人長兵法”，即挖到敵方忠低的武將，剝掉兵馬后放回去，等到他在電腦那邊分配到了人馬，再挖回來，如此循環(huán)，不假多時，便可成為泱泱大國了。但這些BUG同樣是瑕不掩瑜，并不能對它的經(jīng)典產(chǎn)生多大影響。

總的說來《三國志3》是整個系列里體系最完備，可玩度最高的作品。這絕對是光榮的一款革新之作，比之前兩代，真是有天壤之別。由3代開始，光榮的三國志系列漸漸走向了成熟。

內(nèi)政系統(tǒng)

內(nèi)政方面，由于城市較多，內(nèi)政指令也復(fù)雜了許多，開發(fā)、治水、商業(yè)、耕作構(gòu)成了“內(nèi)政四要素”，每個月都可以派一名武將擔任工作，游戲以“命令書”的方式分派任務(wù)，下一個月即可知道工作進度。但是很多工作有快有慢，快的一個月，慢的(如生產(chǎn)武器)則要數(shù)月，因此出現(xiàn)一個武將幾個月做一件事的尷尬情況。但冗長的內(nèi)政系統(tǒng)并不影響《三國志3》成為經(jīng)典之作。