《拳皇2009終極之戰(zhàn)》采用了全手繪，無3D制作，人物動作與作畫都相當精細，整體風格也更加偏向卡通化，拳皇MUGEN2009終極之戰(zhàn)游戲與98與02一樣沒有劇情屬于亂斗。

在大蛇封印解除成功的狀況下，迷之組織的一員“無界”趁混亂奪取了八神族的力量，上一屆kof大會因主催者神樂千鶴負傷而在混亂中閉幕……隨著季節(jié)的變遷，時間的推移，今年的的格斗大會開始了。然而華美的kof大會只是一個表面，背面卻充滿了種種復雜的陰謀。奪走解除封印后大蛇的力量的神秘組織將會有怎么樣的目的？缺了一部分的三神器能否扭轉逆勢？

草薙京：草薙家族的炎之后裔，烈陽之火的繼承人，擁有操縱火焰的能力。擁有封印大蛇能力的他，時刻要接受來自八神的挑戰(zhàn)。

八神庵：八神家族的炎之后裔，蒼炎之火的繼承人，擁有紫色烈焰。背棄了家族實名，獨自尋求職高的力量。

二階堂紅丸：在富有家庭出身的美日混血兒，閑時也會當時裝模特兼職，只有在戰(zhàn)斗中頭發(fā)才會豎起。

大門五郎：曾是日本出產(chǎn)的奧林匹克運動化的柔道項目金牌選手，為證明自己實力而參加日本異種格斗大會。

麻宮雅典娜：人氣偶像歌手的超能力少女，在全作品中都出現(xiàn)，人氣非常高。